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miércoles, 5 de febrero de 2025

Detección de patógenos mediante secuenciación metagenómica de próxima generación en infecciones de la columna vertebral

 https://www.alvarezmd-ortocolumna.mx/academia/deteccion-de-patogenos-mediante-secuenciacion-metagenomica-de-proxima-generacion-en-infecciones-de-la-columna-vertebral/


Detección de patógenos mediante secuenciación metagenómica de próxima generación en infecciones de la columna vertebral

Objetivo.
Evaluar la capacidad y el valor de la secuenciación metagenómica de próxima generación (mNGS) para detectar patógenos en infecciones de la columna vertebral.

Antecedentes.
El diagnóstico patogénico de la infección espinal primaria es un desafío. La aplicación generalizada de mNGS en la práctica clínica lo hace particularmente útil para detectar enfermedades infecciosas complejas raras, emergentes y atípicas.

Spine
@SpinePhilaPA76
Número actual: Detección de patógenos mediante secuenciación metagenómica de próxima generación en infecciones de la columna vertebral

Spine

Conclusiones.
La prueba mNGS exhibe rapidez, eficiencia y precisión, lo que le otorga un inmenso valor diagnóstico y terapéutico en el ámbito de las enfermedades infecciosas de la columna vertebral.

Puntos clave

  • La secuenciación metagenómica de próxima generación (MNG) ha demostrado capacidades de diagnóstico que superan significativamente las de los métodos de laboratorio tradicionales, incluidos el cultivo microbiano y las pruebas serológicas.
  • Los MNG resultan particularmente ventajosos para detectar microorganismos patógenos extremadamente raros, como Coxiella burnetii, Aspergillus fumigatus y el recientemente descubierto Taifanglia major, este último reportado por primera vez como microorganismo patógeno in vivo.
  • Los hallazgos de este estudio subrayan el potencial de los MNG como una herramienta de diagnóstico fundamental para las enfermedades de infección espinal, ofreciendo una mayor sensibilidad e identificación microbiana integral.

La infección espinal puede causar complicaciones y consecuencias graves, y su pronóstico depende en gran medida de un diagnóstico preciso y un tratamiento antiinfeccioso. Sin embargo, las pruebas microbiológicas actuales tienen limitaciones en términos de sensibilidad, velocidad y espectro de objetivos de ensayo disponibles, lo que dificulta la determinación temprana y precisa de microorganismos patógenos. En ausencia de un diagnóstico microbiológico definitivo, la medicación empírica y el tratamiento diagnóstico fueron las únicas opciones tanto para los médicos como para los pacientes, lo que puede exacerbar una infección oculta y contribuir a la aparición de resistencia a los antibióticos. Por lo tanto, la detección rápida y precisa de microorganismos patógenos es la clave para un tratamiento exitoso.

La secuenciación metagenómica de próxima generación (mNGS) utiliza tecnología de secuenciación de segunda generación para obtener información de secuencia de todos los fragmentos de ácido nucleico presentes en las muestras de tejido, fluido corporal, sangre o pus.1,2 A través del análisis y la comparación biológica, puede detectar la especie y el número de secuencia de todos los microorganismos en la muestra. Al detectar todos los ácidos nucleicos sin sesgo, puede identificar simultáneamente miles de bacterias, hongos, virus e incluso parásitos, lo que lo hace particularmente útil para detectar enfermedades infecciosas complejas raras, nuevas y atípicas.3 Se ha aplicado para el diagnóstico de infecciones del sistema nervioso central,4-6 infecciones del sistema circulatorio,7 infecciones pulmonares,8 infecciones periprotésicas,9,10 infecciones óseas y articulares,11 y muestra un buen rendimiento diagnóstico. En un futuro cercano, la mNGS puede convertirse en un examen de diagnóstico de rutina en el diagnóstico y tratamiento de infecciones espinales debido a su sensibilidad y velocidad.

Actualmente hay pocos estudios sobre la aplicación de la tecnología mNGS en infecciones espinales. Este estudio recopiló datos de 120 pacientes con sospecha de infecciones espinales y comparó la mNGS con los protocolos de pruebas de laboratorio tradicionales, con el objetivo de evaluar la eficacia diagnóstica y la consistencia de la mNGS y aclarar el valor de la aplicación de esta tecnología en el diagnóstico de infecciones espinales.

Pathogenic Detection by Metagenomic Next-generation Sequencing in Spinal Infections – PubMed

Pathogenic Detection by Metagenomic Next-generation Sequencing in Spinal Infections – PMC

Spine

Yin C, Cong Y, Wang H, Wang D, Yang X, Wang X, Wang T. Pathogenic Detection by Metagenomic Next-generation Sequencing in Spinal Infections. Spine (Phila Pa 1976). 2025 Feb 15;50(4):E70-E75. doi: 10.1097/BRS.0000000000005148. Epub 2024 Sep 5. PMID: 39233549; PMCID: PMC11771361.

© 2024 The Author(s). Published by Wolters Kluwer Health, Inc.

This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-Non Commercial-No Derivatives License 4.0 (CCBY-NC-ND), where it is permissible to download and share the work provided it is properly cited. The work cannot be changed in any way or used commercially without permission from the journal. http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/

PMCID: PMC11771361  PMID: 39233549








martes, 20 de diciembre de 2022

Muchos patógenos comunes están presentes en el aire de la sala de operaciones durante la cirugía

 https://www.reemplazoprotesico.com.mx/academia/muchos-patogenos-comunes-estan-presentes-en-el-aire-de-la-sala-de-operaciones-durante-la-cirugia/


Muchos patógenos comunes están presentes en el aire de la sala de operaciones durante la cirugía

Es posible que se sorprenda al descubrir patógenos comunes en el aire de su quirófano.
#ecoli #cacnes #pseudomonas
visualabstract por el Dr. Alexus Cooper @alexusmcooper

Many Common Pathogens are Present in the Operative Room Air During Surgery – The Journal of Arthroplasty (arthroplastyjournal.org)
  • El objetivo principal de este estudio fue evaluar las medidas sanitarias de los quirófanos mediante secuenciación de última generación.
  • Los organismos microbianos no son infrecuentes en el aire de la sala de operaciones durante las artroplastias de cadera y rodilla y los procedimientos de columna.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35843378/

https://www.arthroplastyjournal.org/article/S0883-5403(22)00695-7/fulltext

Chisari E, Largoza G, Clarkson S, Krueger CA, Kirschman D, Parvizi J. Many Common Pathogens are Present in the Operative Room Air During Surgery. J Arthroplasty. 2022 Dec;37(12):2427-2430. doi: 10.1016/j.arth.2022.07.007. Epub 2022 Jul 16. PMID: 35843378.

Copyright © 2022 Elsevier Inc. All rights reserved.




martes, 16 de agosto de 2022

Detección de microorganismos basada en la secuenciación del genoma completo versus selectiva en fluidos sonicados para el diagnóstico de infecciones articulares periprotésicas

 https://www.ortopedia-traumatologia.mx/academia/deteccion-de-microorganismos-basada-en-la-secuenciacion-del-genoma-completo-versus-selectiva-en-fluidos-sonicados-para-el-diagnostico-de-infecciones-articulares-periprotesicas/


Detección de microorganismos basada en la secuenciación del genoma completo versus selectiva en fluidos sonicados para el diagnóstico de infecciones articulares periprotésicas

Secuenciación de próxima generación dirigida vs «completa» aplicada a PJI de @MayoClinicINFD , ahora en @CIDJournal .

tNGS identificó el 48 % de los casos de cultivo negativo, tan bueno como sNGS y con mejor tiempo de respuesta, costo y facilidad de análisis de datos.

Targeted versus Shotgun Metagenomic Sequencing-Based Detection of Microorganisms in Sonicate Fluid for Periprosthetic Joint Infection Diagnosis | Clinical Infectious Diseases | Oxford Academic (oup.com)

  • La secuenciación de próxima generación (NGS) se usa cada vez más para el diagnóstico de infecciones de las articulaciones periprotésicas (PJI), pero su utilidad clínica no está bien definida. Se ha informado que la secuenciación metagenómica completa (sNGS) identifica patógenos PJI no detectados por cultivo en fluido sonicado. Sin embargo, sNGS es complejo y costoso. Aquí, se comparó la secuenciación metagenómica dirigida (tNGS) basada en el gen del ARN ribosómico 16S (ARNr) con la sNGS de líquido sonicado para la detección e identificación microbiana en pacientes con artroplastia total de cadera (THA) y artroplastia total de rodilla (TKA).
  • El tNGS basado en el gen 16S rRNA es una herramienta de diagnóstico potencial para la identificación de patógenos PJI en líquido sonicado de THA y TKA fallidos en casos de cultivo negativo, con características de rendimiento similares a sNGS.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35944127/

https://academic.oup.com/cid/advance-article-abstract/doi/10.1093/cid/ciac646/6659052?redirectedFrom=fulltext&login=false

Hong HL, Flurin L, Thoendel MJ, Wolf MJ, Abdel MP, Greenwood-Quaintance KE, Patel R. Targeted versus Shotgun Metagenomic Sequencing-Based Detection of Microorganisms in Sonicate Fluid for Periprosthetic Joint Infection Diagnosis. Clin Infect Dis. 2022 Aug 9:ciac646. doi: 10.1093/cid/ciac646. Epub ahead of print. PMID: 35944127.

© The Author(s) 2022. Published by Oxford University Press on behalf of Infectious Diseases Society of America. All rights reserved. For permissions, please e-mail: journals.permissions@oup.com.




jueves, 14 de julio de 2022

Una comprensión mejorada de la infección articular periprotésica con cultivo negativo con secuenciación de próxima generación: un estudio multicéntrico

 https://www.jointsolutions.com.mx/una-comprension-mejorada-de-la-infeccion-articular-periprotesica-con-cultivo-negativo-con-secuenciacion-de-proxima-generacion-un-estudio-multicentrico/


Una comprensión mejorada de la infección articular periprotésica con cultivo negativo con secuenciación de próxima generación: un estudio multicéntrico

Una mejor comprensión de un cultivo negativo…

An Enhanced Understanding of Culture-Negative Periprosthetic… : JBJS (lww.com)

  • Los desafíos de la infección de la articulación periprotésica (PJI) con cultivo negativo han llevado a la aparición de métodos moleculares de identificación de patógenos, incluida la secuenciación de próxima generación (NGS). Si bien su mayor sensibilidad en comparación con las técnicas de cultivo tradicionales está bien documentada, no se sabe completamente qué organismos se pueden detectar con el uso de NGS. El objetivo de este estudio fue describir el perfil NGS de IAP con cultivo negativo.
  • NGS proporciona una imagen más completa del perfil microbiano de la infección que a menudo se pasa por alto en la cultura tradicional. Al examinar el perfil de la IAP en una cohorte multicéntrica mediante NGS, este estudio demostró que aproximadamente dos tercios de las IAP con cultivo negativo tenían organismos patógenos oportunistas identificables y, además, la mayoría de las infecciones eran polimicrobianas.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35726882/

https://journals.lww.com/jbjsjournal/Abstract/9900/An_Enhanced_Understanding_of_Culture_Negative.560.aspx

Goswami K, Clarkson S, Phillips CD, Dennis DA, Klatt BA, O’Malley MJ, Smith EL, Gililland JM, Pelt CE, Peters CL, Malkani AL, Palumbo BT, Lyons ST, Bernasek TL, Minter J, Goyal N, McDonald JF 3rd, Cross MB, Prieto HA, Lee GC, Hansen EN, Bini SA, Ward DT, Shohat N, Higuera CA, Nam D, Della Valle CJ, Parvizi J; Orthopedic Genomics Workgroup; Orthopedic Genomics Workgroup. An Enhanced Understanding of Culture-Negative Periprosthetic Joint Infection with Next-Generation Sequencing: A Multicenter Study. J Bone Joint Surg Am. 2022 Jun 20. doi: 10.2106/JBJS.21.01061. Epub ahead of print. PMID: 35726882.

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