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lunes, 18 de marzo de 2024

Un estudio de asociación de todo el transcriptoma revela genes causales candidatos para la estenosis espinal lumbar

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Un estudio de asociación de todo el transcriptoma revela genes causales candidatos para la estenosis espinal lumbar

La estenosis espinal lumbar (LSS) es una enfermedad común del sistema esquelético que se ha atribuido en parte a la variación genética. Sin embargo, la correlación entre la variación genética y los cambios patológicos en LSS es insuficiente.

Transcriptome-wide association study reveals candidate causal genes for lumbar spinal stenosis | Bone & Joint (boneandjoint.org.uk)

Introducción
La estenosis espinal lumbar (LSS) se caracteriza por el atrapamiento del nervio espinal causado por una estenosis ósea del canal espinal y se puede dividir en LSS del desarrollo y LSS degenerativa según la etiología. El primero se asocia con un estrechamiento preexistente o congénito del canal espinal y representa aproximadamente el 5% de los casos de LSS.1 Sin embargo, la mayoría de los casos de LSS se atribuyen a los cambios degenerativos en la columna con el envejecimiento. El fenotipo patoanatómico del LSS degenerativo está relacionado con el tamaño del canal espinal o el elemento compresivo neural.1 Los principales síntomas del LSS son ciática, entumecimiento o debilidad en glúteos o piernas, y claudicación intermitente o disfunción de esfínteres en casos severos.2 El dolor sustancial y La discapacidad del LSS, que afecta la deambulación, afecta a más de 103 millones de personas en todo el mundo y cada año se realizan aproximadamente 600.000 procedimientos quirúrgicos en los EE. UU. para el LSS.3

Debido a la necesidad humana de caminar erguido, el disco intervertebral se convierte en el factor iniciador de la degeneración de la columna, lo que conduce además a cambios patológicos en el LSS que se desarrollan alrededor del nivel del disco intervertebral, como pandeo del ligamento amarillo, hipertrofia de osteofitos de la articulación facetaria e incluso la espondilolistesis lumbar. La gravedad del LSS es altamente hereditaria, con una heredabilidad estimada del 67 % según la evaluación cualitativa de la resonancia magnética.4 Un metanálisis reciente también encontró que la variación genética está asociada con la susceptibilidad a la degeneración del disco.5 La heterogeneidad genética del LSS se establece en el momento de la formación de gametos parentales, independiente de la interferencia ambiental en la vida posterior, y es anterior a la aparición de LSS. También explica el fenómeno clínico de por qué el grado de LSS en algunos pacientes no siempre coincide con la gravedad de los síntomas a nivel genético. Por tanto, el estudio de la genética es una herramienta epidemiológica ideal para el cribado de poblaciones de alto riesgo. También proporciona un nuevo enfoque para el desarrollo de terapias biológicas para reducir la incidencia de LSS y retrasar el grado de degeneración de la columna. Dado que la patogénesis del LSS no está clara, el estudio de la genética puede ser una buena herramienta para explorar los mecanismos subyacentes a la patogénesis del LSS.

Estudios previos de asociación de todo el genoma (GWAS) han escaneado una gran cantidad de marcadores genéticos en todo el genoma para localizar la variación genética asociada con LSS.6,7 El gen AAK1 y las variantes en SOX5 y CCDC26/GSDMC se correlacionaron con la gravedad del dolor. de LSS, revelando el mecanismo genético específico de las respuestas de pacientes individuales a LSS.6 Sin embargo, la mayoría de las variantes genéticas reportadas por GWAS están ubicadas en regiones no codificantes y tienen una capacidad limitada de explicación a nivel de expresión génica.8 En comparación con Los estudios GWAS basados en polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) y los estudios de asociación de todo el transcriptoma (TWAS) pueden tener en cuenta genes reguladores en regiones no codificantes y determinar mejor las asociaciones entre genes y rasgos mediante la integración de GWAS y conjuntos de datos de expresión génica.8 Además, TWAS puede reducir drásticamente las comparaciones en el análisis estadístico y mejorar la capacidad de detectar genes candidatos de enfermedades con rasgos complejos.9 En los últimos años, TWAS se ha utilizado ampliamente para identificar genes de riesgo en una variedad de enfermedades ortopédicas. Por ejemplo, Qi et al10 identificaron 33 genes para la osteoartritis de cadera (OA) y 24 genes para la OA de rodilla, lo que proporciona pistas novedosas para comprender el mecanismo genético de la OA.

En el estudio actual, al integrar el conjunto de datos resumidos de GWAS sobre estenosis del canal espinal derivado de BioBank Japan y los pesos de expresión génica precalculados del músculo esquelético y la sangre completa, realizamos un análisis TWAS para identificar genes candidatos asociados con LSS. Los genes importantes fueron validados adicionalmente por los perfiles de expresión de ARNm de pacientes con LSS. Se realizó un análisis de enriquecimiento de ontología genética (GO) para la anotación funcional de genes. Los hallazgos proporcionan conocimientos novedosos sobre el diagnóstico temprano y la intervención del LSS mediante la identificación de variaciones genéticas asociadas con cambios patológicos.


La estenosis espinal lumbar (LSS) es una enfermedad común del sistema esquelético que se ha atribuido en parte a la variación genética. Sin embargo, la correlación entre la variación genética y los cambios patológicos en LSS es insuficiente y es difícil proporcionar una referencia para el diagnóstico y tratamiento precoz de la enfermedad.

Conclusión
Este estudio reveló el mecanismo genético detrás de los cambios patológicos en el LSS y puede proporcionar conocimientos novedosos para el diagnóstico temprano y la intervención del LSS.

Enfoque del artículo
Revelar genes candidatos para la estenosis espinal lumbar (LSS) y confirmar la correlación entre la variación genética y los cambios patológicos en la LSS.

Mensajes clave
Utilizando el análisis del estudio de asociación de todo el transcriptoma (TWAS), este estudio identificó 374 nuevos genes de susceptibilidad asociados con LSS.

Para verificar los resultados de TWAS, los genes candidatos se compararon adicionalmente con los perfiles de expresión del ARN mensajero (ARNm) de LSS y se realizaron análisis de enriquecimiento.

Este estudio encontró la correlación entre la variación genética y los tres cambios patológicos principales del LSS.

Fortalezas y limitaciones
Esta es la primera vez que se confirma la correlación entre la variación genética y los cambios patológicos de LSS mediante el análisis TWAS.

El análisis TWAS es un método creativo que puede predecir la expresión genética en LSS y evitar la confusión derivada de las diferencias ambientales causadas por el rasgo que puede influir en la expresión.

El conjunto de datos resumidos de GWAS y los perfiles de expresión de ARNm se derivan de sujetos de ascendencia asiática; Los resultados de este estudio deben aplicarse a otras poblaciones con precaución.

Transcriptome-wide association study reveals candidate causal genes for lumbar spinal stenosis – PubMed (nih.gov)

Transcriptome-wide association study reveals candidate causal genes for lumbar spinal stenosis – PMC (nih.gov)

Transcriptome-wide association study reveals candidate causal genes for lumbar spinal stenosis | Bone & Joint (boneandjoint.org.uk)

Xu J, Si H, Zeng Y, Wu Y, Zhang S, Shen B. Transcriptome-wide association study reveals candidate causal genes for lumbar spinal stenosis. Bone Joint Res. 2023 Jun 26;12(6):387-396. doi: 10.1302/2046-3758.126.BJR-2022-0160.R1. PMID: 37356815; PMCID: PMC10290907.

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martes, 27 de junio de 2023

El estudio de asociación de todo el transcriptoma revela genes causales candidatos para la estenosis espinal lumbar

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El estudio de asociación de todo el transcriptoma revela genes causales candidatos para la estenosis espinal lumbar

Este estudio reveló el mecanismo genético detrás de los cambios patológicos en la estenosis espinal lumbar y puede proporcionar nuevos conocimientos para el diagnóstico y la intervención temprana.

Transcriptome-wide association study reveals candidate causal genes for lumbar spinal stenosis | Bone & Joint (boneandjoint.org.uk)

La estenosis espinal lumbar (LSS) es una enfermedad común del sistema esquelético que se ha atribuido en parte a la variación genética. Sin embargo, la correlación entre la variación genética y los cambios patológicos en LSS es insuficiente y es difícil proporcionar una referencia para el diagnóstico y tratamiento temprano de la enfermedad.
Este estudio reveló el mecanismo genético detrás de los cambios patológicos en LSS y puede proporcionar nuevos conocimientos para el diagnóstico y la intervención temprana de LSS.

¿Qué genes causan la estenosis espinal lumbar? Un estudio revela candidatos potenciales

La estenosis espinal lumbar (LSS, por sus siglas en inglés) es una enfermedad común del sistema esquelético que se caracteriza por el estrechamiento del canal espinal en la región lumbar, lo que puede provocar dolor, entumecimiento y debilidad en las piernas. Se estima que afecta al 9,3% de la población adulta y que es una de las principales causas de cirugía de columna vertebral.

Si bien se sabe que la LSS tiene un componente genético, los mecanismos moleculares que subyacen a esta enfermedad no se conocen bien. Además, la relación entre la variación genética y los cambios patológicos en la LSS es insuficiente, lo que dificulta el diagnóstico precoz y el tratamiento de la enfermedad.

Para abordar este problema, un equipo de investigadores de China realizó un estudio de asociación transcriptómica (TWAS, por sus siglas en inglés) de la estenosis del canal espinal, integrando los datos de un estudio de asociación genómica amplia (GWAS, por sus siglas en inglés) realizado en Japón con 661 casos y 178.065 controles, y los pesos de expresión génica del músculo esquelético y la sangre entera obtenidos mediante el software FUSION.

El TWAS es una técnica que permite identificar genes cuya expresión está asociada a un rasgo o una enfermedad, utilizando información genética y transcriptómica. De esta forma, se pueden inferir los genes causales potenciales que pueden estar implicados en el desarrollo o la progresión de la LSS.

Los resultados del TWAS se publicaron recientemente en la revista Bone & Joint Research, y revelaron 374 genes candidatos para la LSS, con valores p de permutación inferiores a 0,05 para el músculo esquelético o la sangre entera. Entre ellos, se encontraron genes como RCHY1 (PTWAS = 0,001), que está implicado en la regulación de la proteólisis mediada por el proteasoma, e IL15RA (PTWAS = 0,040), que codifica para el receptor de la interleucina 15, una citoquina involucrada en la inflamación y la respuesta inmune.

Estos genes se enriquecieron en 112 términos de ontología génica (GO, por sus siglas en inglés) y cinco vías del Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG, por sus siglas en inglés), relacionados con procesos biológicos como la carcinogénesis química, el estrés oxidativo, la diferenciación celular y la señalización celular.

Para verificar los resultados del TWAS, los investigadores compararon los genes candidatos con los perfiles de expresión de ARN mensajero (mRNA, por sus siglas en inglés) de la LSS obtenidos a partir de muestras de tejido intervertebral degenerado. De esta forma, encontraron 18 genes comunes entre ambos conjuntos de datos, lo que sugiere que estos genes podrían estar implicados tanto en la variación genética como en los cambios patológicos de la LSS.

Además, realizaron un análisis de enriquecimiento conjunto de los términos GO para los resultados del TWAS y los perfiles de mRNA, y detectaron 71 términos comunes, como la regulación negativa de la diferenciación celular (valor LogP = -2,811), que podría reflejar el proceso de desdiferenciación celular que ocurre en el tejido intervertebral degenerado.

Este estudio es el primero en aplicar el TWAS para identificar genes candidatos para la LSS, y revela el mecanismo genético detrás de los cambios patológicos en esta enfermedad. Los autores señalan que estos hallazgos podrían proporcionar nuevas pistas para el diagnóstico precoz y la intervención de la LSS, así como para el desarrollo de terapias génicas o moleculares.

Sin embargo, también reconocen algunas limitaciones del estudio, como el hecho de que los datos del GWAS proceden de una población japonesa, que puede tener diferencias genéticas con otras poblaciones, y que los pesos de expresión génica se obtuvieron a partir de tejidos sanos, que pueden no reflejar la situación real de los tejidos afectados por la LSS. Por lo tanto, sugieren que se realicen más estudios con muestras más grandes y diversas, y con datos de expresión génica específicos de la LSS, para validar y ampliar los resultados obtenidos.

Transcriptome-wide association study reveals candidate causal genes for lumbar spinal stenosis – PubMed (nih.gov)

Transcriptome-wide association study reveals candidate causal genes for lumbar spinal stenosis – PMC (nih.gov)

Transcriptome-wide association study reveals candidate causal genes for lumbar spinal stenosis | Bone & Joint (boneandjoint.org.uk)

Xu J, Si H, Zeng Y, Wu Y, Zhang S, Shen B. Transcriptome-wide association study reveals candidate causal genes for lumbar spinal stenosis. Bone Joint Res. 2023 Jun 26;12(6):387-396. doi: 10.1302/2046-3758.126.BJR-2022-0160.R1. PMID: 37356815; PMCID: PMC10290907.

This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial No Derivatives (CC BY-NC-ND 4.0) licence, which permits the copying and redistribution of the work only, and provided the original author and source are credited. See https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/