| ||||||
|
|
Comentarios - 0
This week: The microbe hunters, candid camera for endangered animals and trying to plan a graceful exit.
Revisiones bibliográficas. Documentación científica en Ortopedia y Traumatología, medicina deportiva, artroscopia, artroplastia y de todas las patologías del sistema Músculo-Esquelético
Mostrando entradas con la etiqueta microbiología. Mostrar todas las entradas
Mostrando entradas con la etiqueta microbiología. Mostrar todas las entradas
miércoles, 11 de enero de 2012
A por la segunda enfermedad erradicada del planeta
jueves, 22 de diciembre de 2011
Identifican una superbacteria de la Leishmania
| ||||||
|
|
martes, 13 de diciembre de 2011
Detección fenotípica de mecanismos de resistencia en microorganismos grampositivos
Detección fenotípica de mecanismos de resistencia en microorganismos grampositivos
DICIEMBRE 2011
martes, 6 de diciembre de 2011
Descubren por qué los microbios son resistentes a los antibióticos
Descubren por qué los microbios son resistentes a los antibióticos
JANO.es · 05 Diciembre 2011 08:47
Un estudio correalizado por el CSIC y el Imperial College identifica el mecanismo por el que las células expulsan cualquier compuesto que las alcances, incluidos los antibióticos.
Los equipos del Dr. Juan Luis Ramos, del CSIC, y la Dra. Xiadong Zhang, del Imperial College de Londres, han descubierto las bases moleculares que hacen resistentes a los microorganismos frente a los antibióticos naturales y a los sintéticos de reciente generación. El trabajo, que se ha realizado dentro del programa Consolider Ingenio del Ministerio de Ciencia e Innovación, supone un avance hacia nuevas líneas de investigación en la lucha contra los microorganismos patógenos.
Los investigadores han descubierto que uno de los mecanismos de resistencia de los microorganismos son las denominadas 'bombas de expulsión', localizadas en la membrana de la bacteria, y que expelen cualquier compuesto que alcanza a la célula, incluidos los antibióticos naturales y los sintéticos. Otro de los aspectos del estudio ha consistido en esclarecer la estructura tridimensional del regulador de estas bombas, lo que ha demostrado que la proteína cambia de conformación según se encuentre en solución o unida a ADN.
Asimismo, se ha acreditado que el mecanismo de funcionamiento de estas 'bombas' requiere importantes dosis de energía, por lo que los microorganismos optimizan la síntesis de las bombas utilizando el 'regulador' estudiado en el proyecto Consolider. Este sistema de control permite dejar suspender la actividad de las bombas cuando los microorganismos no están expuestos a compuestos nocivos.
Además, la investigación revela que estas bombas permiten a las células sobrevivir en medios muy extremos como sitios contaminados con derivados de petróleo, presencia de productos farmacéuticos y antibióticos. Los resultados del trabajo se publican en Genes and Development y Proceeding of the National Academy of Sciences.
viernes, 4 de noviembre de 2011
Microbiología del trasplante
Microbiología del trasplante
Publicado en Enferm Infecc Microbiol Clin. 2011;29:683-90. - vol.29 núm 09
Resumen
Resumen
Las infecciones constituyen una de las complicaciones más importantes que afectan decisivamente al éxito de los trasplantes. El laboratorio de microbiología clínica ocupa un papel central en el diagnóstico, tratamiento y prevención de las complicaciones infecciosas. Los centros con programa de trasplantes deben contar con el soporte de un laboratorio de microbiología bien capacitado tecnológicamente y con una amplia cartera de servicios que ponga énfasis en las pruebas de diagnóstico rápido. En esta revisión se resumen los fundamentos clínicos que orientan la labor del laboratorio, el papel que desempeña en la evaluación de donantes y receptores y las técnicas diagnósticas a aplicar para los patógenos más relevantes.
Palabras clave Microbiología del transplante. Infecciones en el trasp
Atte.
Dr.Máximo Cuadros Chávez
lunes, 12 de septiembre de 2011
¿Se pueden hacer calculadoras con microorganismos?
| ||||||
|
|
sábado, 10 de septiembre de 2011
sábado, 3 de septiembre de 2011
Los 'tatarabuelos' de la resistencia bacteriana
DESCUBRIMIENTO | Más de 30.000 años
Los 'tatarabuelos' de la resistencia bacteriana
Bacteria 'Klebsiella pneumoniae', responsable de muchas infecciones hospitalarias | CDC
- Investigadores encuentran genes resistentes en fósiles del Pleistoceno
- El mal uso de los antibióticos potencia la existencia de las 'superbacterias'
Silvia R. Taberné | Madrid
Actualizado miércoles 31/08/2011 18:03 horas
Desde que Alexander Fleming descubriera casi por casualidad la penicilina en 1928 y, con ella, el primer antibiótico como tal de la Historia, estos fármacos han conseguido plantar cara a enfermedades como la neumonía o la sífilis. Sin embargo, y como dicen en el cine, 'los malos' nunca mueren... y las bacterias protagonistas de varias enfermedades infecciosas no parecen una excepción.
Aunque desde la aparición de estos fármacos parecía que la batalla contra estas enfermedades se estaba ganando, desde hace unos años la situación parece haber dado un vuelco importante con la aparición e cepas multirresistentes a los antibióticos, como es el caso del brote de 'E.coli' de este verano o del 'Staphylococcus aureus' (MRSA). Tal es la preocupación que la Organización Mundial de Salud (OMS) dedicó su último Día Mundial a la "alarmante" resistencia de algunas bacterias a los antibióticos con las que habitualmente se las combate.
Pero entonces, ¿estamos viviendo una nueva etapa en las infecciones? ¿De dónde vienen esas 'superbacterias' capaces de hacer frente a los actuales fármacos? Según un nuevo estudio publicado en 'Nature', ni la situación es tan novedosa ni la resistencia de estos microorganismos precisamente reciente.
Según afirman los doctores Gerry Wright, director científico de la Escuela de Medicina Michael G. DeGroote (Canadá) y Hendrik Poinar, genetista evolutivo de la misma universidad, se podría datar en más de 30.000 años las primeras evidencias de la existencia de bacterias resistentes, algo que ambos investigadores enmarcan "como un fenómeno completamente natural".
En su investigación por los territorios helados de Yukon (la zona más occidental de Alaska, EEUU) los autores del estudio encontraron ADN fosilizado de mamuts, bisontes y otros animales de la época del Pleistoceno y en él detectaron varios genes de resistencia muy parecidos a los que actúan hoy en día contra varios antibióticos, tales como la penicilina. Sin embargo, los investigadores se concentraron en uno de estos genes resistente a la vancomicina que presentaba unas características muy similares a las actuales cepas más intransigentes con los fármacos que tratan las bacterias hospitalarias.
"Para llegar a este descubrimiento se reconstruyó el gen completo y se purificó la proteína [es decir, produjeron y seleccionaron una proteína frente a otra] que muestra esta actividad de resistencia. Así, hemos comprobado que tanto las actuales cepas resistentes como las de hace 30.000 años forman parte de la misma familia", explica Brian Golding, del departamento de Biología de la Universidad de McMaster y uno de los autores de la investigación. Pero si esa característica de 'resistencia' existe desde hace millones de años, ¿por qué es ahora cuando están apareciendo las 'superbacterias'?
Bacterias demasiado listas
"A día de hoy se conoce que los antibióticos son, en muchos casos, sustancias naturales producidas por los microorganismos que, a su vez, codifican genes para ser resistentes a ellos", explica a ELMUNDO.es el catedrático de Microbiología de la Universidad de Zaragoza, Carlos Martín.
Si esta resistencia es algo natural, cabría preguntarse si la acción humana puede hacer algo contra cepas tan 'novedosas' como la de la famosa 'E.coli' de este verano. "Por supuesto", asegura tajante este especialista. "Aunque las bacterias que producen los antibióticos también cuenten con estas herramientas de 'escape' en forma de resistencias, un uso racional de los antibióticos disminuiría la activación de estos escapes. Hay que tener en cuenta que las bacterias son muy listas y cuando se utiliza un fármaco mal, se está ayudando a hacer el fármaco inservible".
En la misma línea se muestran las conclusiones del estudio que, para el doctor Poinar, uno de sus autores, viene a demostrar que "si pretendemos desarrollar un fármaco inmune a la resistencia nos estamos engañando a nosotros mismos, pero precisamente por ello hay que evitar el uso y abuso incontrolado de antibióticos, pues así sólo se ayuda a desarrollar cepas resistentes".
Pero hay más medidas. "En los últimos años han aparecido pocos antibióticos nuevos", comenta Carlos Martín. "El gran 'boom' con ellos fue en la década de los 50 y después, al ver que eran efectivos, no ha habido un fomento de la investigación para crear nuevos fármacos, por lo que ahora cuesta ganar la batalla a las superbacterias. Este es un punto tan importante como desarrollar una política eficaz para el uso de los ya existentes", argumenta.
Un enemigo oculto en las batas de los hospitales
PREVENCIÓN | Control de infecciones
Un enemigo oculto en las batas de los hospitales
Imagen de una bata de médico. | Foto: Alberto Cuellar
http://www.elmundo.es/elmundosalud/2011/08/31/noticias/1314808040.html - Un estudio señala una alta incidencia de ropa contaminada por bacterias
- Una mala higiene de manos podría ser la puerta de entrada de estos patógenos
Ángeles López | Madrid
Actualizado miércoles 31/08/2011 18:27 horas
Sirven para identificar al personal sanitario, pero cada vez son más los estudios que evidencian que los uniformes de médicos y enfermeras contienen más de una sorpresa en sus bolsillos. La última prueba de este riesgo invisible lo aporta una investigación publicada en la American Journal of Infection Control en la que se constata que más de un 60% de su ropa contiene bacterias potencialmente peligrosas.
"Con el aumento de los casos de enfermedades producidas por bacterias resistentes a los antibióticos, investigar el papel de los factores ambientales, incluida la ropa del personal, es importante para conocer la extensión de estas infecciones", explican los autores del estudio. Estos especialistas señalan que en los hospitales es frecuente el ingreso de ancianos, muchos de los cuales proceden de residencias para la tercera edad en donde se ha constatado una tasa significativa de colonización por bacterias resistentes a los antibióticos. Este tipo de microorganismos aumenta durante la hospitalización, por este motivo existen campañas para concienciar a los sanitarios de las medidas que deben tomar para no intercambiar batas o uniformes, ni llevarlos fuera del hospital.
Para conocer la presencia de la contaminación de los uniformes por estos patógenos, investigadores del Centro Médico Shaare Zedek, en Jerusalén (Israel), recogieron muestras de tres partes de los uniformes de 75 enfermeras y de 60 médicos, de los bolsillos, de la zona abdominal y de las mangas.
Tras el análisis de las muestras, los investigadores de este hospital de 550 camas encontraron que el 65% de la ropa de enfermería y el 60% de las batas de los médicos albergaban patógenos. De éstos, 21 cultivos de los trajes de enfermería y seis de los uniformes médicos contenían microorganismos multirresistentes a fármacos, incluidos ocho que estaban contaminados por la bacteria estafilococo resistente a meticilina (MRSA, según sus siglas en inglés). Aunque los uniformes por sí mismos no eran un riesgo directo para la transmisión de la enfermedad, estos resultados indican una prevalencia de las cepas resistentes a los antibióticos en un estrecho contacto con los pacientes ingresados.
"La alta incidencia de uniformes contaminados podría estar relacionada con una inadecuada higiene de manos, dado que los sitios analizados (zona abdominal, mangas, y bolsillos) se suelen manipular mucho con las manos", explican los autores del estudio.
"Es importante poner estos resultados en perspectiva", ha declarado Russell Olmsted, presidente de la Asociación de Profesionales en Epidemiología y Control de Infecciones. "Cualquier ropa que lleve una persona llegará a estar contaminada por microorganismos. La clave en la prevención de infecciones radica en un correcto lavado de manos para prevenir la movilidad de microbios desde estas superficies hacia los pacientes", señala este experto.
Según la Organización Mundial de la Salud (OMS), el riesgo de infección asociada al cuidado de los sanitarios en algunos países en vías de desarrollo es 20 veces mayor que la que se da en otros países desarrollados. No obstante, incluso en centros ubicados en el mundo rico se producen estos casos de contaminación, que pueden ser mortales, y requieren de un tratamiento caro. Prevenir este tipo de infecciones es la mejor estrategia para mejorar la seguridad del paciente.
jueves, 1 de septiembre de 2011
The New Generation of Microbe Hunters
The New Generation of Microbe Hunters
Annie Tritt for The New York Times
ECOSYSTEMS Dr. David A. Relman of Stanford studies the microbes that live peacefully in or on the human body.
By GINA KOLATA
Published: August 29, 2011
It was Tuesday evening, June 7. A frightening outbreak of food-borne bacteria was killing dozens of people in Germany and sickening hundreds. And the five doctors having dinner at Da Marco Cucina e Vino, a restaurant in Houston, could not stop talking about it.
Multimedia
Related
Hunting for a Mass Killer in Medieval Graveyards (August 30, 2011)
Get Science News From The New York Times »
Michael Stravato for The New York Times
DETECTIVE Dr. James M. Musser, second from right, put DNA sequencing to work in a Houston case involving lethal bacteria that looked like anthrax. The culprit turned out to be a closely related strain of Bacillus.
What would they do if something like that happened in Houston? Suppose a patient came in, dying of a rapidly progressing infection of unknown origin? How could they figure out the cause and prevent an epidemic? They talked for hours, finally agreeing on a strategy.
That night one of the doctors, James M. Musser, chairman of pathology and genomic medicine at the Methodist Hospital System, heard from a worried resident. A patient had just died from what looked like inhalation anthrax. What should she do?
“I said, ‘I know precisely what to do,’ ” Dr. Musser said. “ ‘We just spent three hours talking about it.’ ”
The questions were: Was it anthrax? If so, was it a genetically engineered bioterrorism strain, or a strain that normally lives in the soil? How dangerous was it?
And the answers, Dr. Musser realized, could come very quickly from newly available technology that would allow investigators to determine the entire genome sequence of the suspect micro-organism.
It is the start of a new age in microbiology, Dr. Musser and others say. And the sort of molecular epidemiology he and his colleagues wanted to do is only a small part of it. New methods of quickly sequencing entire microbial genomes are revolutionizing the field.
The first bacterial genome was sequenced in 1995 — a triumph at the time, requiring 13 months of work. Today researchers can sequence the DNA that constitutes a micro-organism’s genome in a few days or even, with the latest equipment, a day. (Analyzing it takes a bit longer, though.) They can simultaneously get sequences of all the microbes on a tooth or in saliva or in a sample of sewage. And the cost has dropped to about $1,000 per genome, from more than $1 million.
In a recent review, Dr. David A. Relman, a professor of medicine, microbiology and immunology at Stanford, wrote that researchers had published 1,554 complete bacterial genome sequences and were working on 4,800 more. They have sequences of 2,675 virus species, and within those species they have sequences for tens of thousands of strains — 40,000 strains of flu viruses, more than 300,000 strains of H.I.V., for example.
With rapid genome sequencing, “we are able to look at the master blueprint of a microbe,” Dr. Relman said in a telephone interview. It is “like being given the operating manual for your car after you have been trying to trouble-shoot a problem with it for some time.”
Dr. Matthew K. Waldor of Harvard Medical School said the new technology “is changing all aspects of microbiology — it’s just transformative.”
One group is starting to develop what it calls disease weather maps. The idea is to get swabs or samples from sewage treatment plants or places like subways or hospitals and quickly sequence the genomes of all the micro-organisms. That will tell them exactly what bacteria and viruses are present and how prevalent they are.
With those tools, investigators can create a kind of weather map of disease patterns. And they can take precautions against ones that are starting to emerge — flu or food-borne diseases or SARS, for example, or antibiotic-resistant strains of bacteria in a hospital.
Others are sequencing bacterial genomes to find where diseases originated. To study the Black Death, which swept Europe in the 14th century, researchers compared genomes of today’s bubonic plague bacteria, which are slightly different in different countries. Working backward, they were able to create a family tree that placed the microbe’s origin in China, 2,600 to 2,800 years ago.
Still others, including Dr. Relman, are examining the vast sea of micro-organisms that live peacefully on and in the human body. He finds, for example, that the bacteria in saliva are different from those on teeth and that the bacteria on one tooth are different from those on adjacent teeth. Those mouth bacteria, researchers say, hold clues to tooth decay and gum disease, two of the most common human infections.
A Real-World Test
For Dr. Musser and his colleagues, the real-world test of what they could do came on that June evening.
The patient was a 39-year-old man who lived about 75 miles from Houston in a relatively rural area. He had been welding at home when, suddenly, he could not catch his breath. He began coughing up blood and vomiting. He had a headache and pain in his upper abdomen and chest.
In the emergency room, his blood pressure was dangerously low and his heart was beating fast. Doctors gave him an IV antibiotic and rushed him to Methodist Hospital in Houston. He arrived on Saturday night, June 4. Despite heroic efforts, he died two and a half days later, on Tuesday morning.
Now it was Tuesday night. On autopsy, the cause looked for all the world like anthrax, in the same unusual form — so-called inhalation anthrax — that terrified the nation in 2001. Even before the man died, researchers had been suspicious; washings from his lungs were teeming with the rod-shaped bacteria characteristic of anthrax. Investigators grew the bacteria in the lab, noticing that the colonies looked like piles of ground glass, typical of anthrax but also other Bacillus microbes.
“We knew we had to get this solved in a hurry,” Dr. Musser said. “We had to know precisely what we were dealing with. That’s when we put into play a plan to sequence the genome.”
A few days later they had their answer. The bacteria were not anthrax, but were closely related. They were a different strain of Bacillus: cereus rather than anthracis.
The bacteria had many of the same toxin genes as anthrax bacteria but had only one of the four viruses that inhabit anthrax bacteria and contribute to their toxicity. And they lacked a miniature chromosome — a plasmid — found in anthrax bacteria that also carries toxin genes.
Related
Hunting for a Mass Killer in Medieval Graveyards (August 30, 2011)
The conclusion was that the lethal bacteria were naturally occurring and, though closely related to anthrax, not usually as dangerous. So why did this man get so ill?
He was a welder, Dr. Musser noted, and welders are unusually susceptible to lung infections, perhaps because their lungs are chronically irritated by fine metal particles. So his fatal illness was most likely due to a confluence of events: welding, living in a rural area where the bacteria lived in the soil and happening to breathe in this toxin-containing species of bacteria.
Dr. Waldor and his colleagues asked a slightly different question when Haiti was swept by cholera after last year’s earthquake. Cholera had not been seen in Haiti for more than a century. Why the sudden epidemic?
The scientists quickly sequenced the genome of the bacteria in Haiti and compared them with known cholera strains from around the world. It turned out that the Haitian strain was different from cholera bacteria in Latin America and Africa, but was identical to those in South Asia.
So the researchers concluded that the earthquake was indirectly responsible for the epidemic. Many relief workers who came to Haiti lived in South Asia, where cholera was endemic. “One or more of these individuals likely brought cholera to Haiti,” Dr. Waldor said.
Charting Disease Maps
One of Dr. Waldor’s collaborators in that study, Eric Schadt, wants to take the idea of molecular forensics one step further. Dr. Schadt, the chairman of genetics at Mount Sinai School of Medicine and chief scientific officer of Pacific Biosciences, wants to make disease weather maps.
He began with pilot studies, first in his company’s offices. For several months, the company analyzed the genomes of microbes on surfaces, like desks and computers and handles on toilets. As the flu season began, the surfaces began containing more and more of the predominant flu strain until, at the height of the flu season, every surface had the flu viruses. The most contaminated surface? The control switches for projectors in the conference rooms. “Everybody touches them and they never get cleaned,” Dr. Schadt said.
He also swabbed his own house and discovered, to his dismay, that his refrigerator handle was always contaminated with microbes that live on poultry and pork. The reason, he realized, is that people take meats out of the refrigerator, make sandwiches, and then open the refrigerator door to return the meat without washing their hands.
“I’ve been washing my hands a lot more now,” Dr. Schadt said.
The most interesting pilot study, he says, was the analyses of sewage.
“If you want to cast as broad a net as possible, sewage is pretty great,” Dr. Schadt said. “Everybody contributes to it every day.”
To his surprise, he saw not only disease-causing microbes but also microbes that live in specific foods, like chicken or peppers or tomatoes.
“I said, ‘Wow, this is like public health epidemiology,’ ” he said. “We could start assessing the dietary composition of a region and correlate it with health.”
Dr. Relman, meanwhile, is focusing on the vast bulk of microbes that live peacefully in or on the human body. There are far more bacterial genes than human genes in the body, he notes. One study that looked at stool samples from 124 healthy Europeans found an average of 536,122 unique genes in each sample, and 99.1 percent were from bacteria.
Bacterial genes help with digestion, sometimes in unexpected ways. One recent studyfound that bacteria in the guts of many Japanese people — but not in the North Americans tested as control — have a gene for an enzyme to break down a type of seaweed that wraps sushi. The gut bacteria apparently picked up the gene from marine bacteria that live on this red algae seaweed in the ocean.
But if these vast communities of microbes are as important as researchers think they are for maintaining health, Dr. Relman asked, what happens when people take antibiotics? Do the microbial communities that were in the gut recover?
Using rapid genome sequencing of all the microbes in fecal samples, he found that they did return, but that the microbial community was not exactly as it was before antibiotics disturbed it. And if a person takes the same antibiotic a second time, as late as six months after the first dose, the microbes take longer to come back and the community is deranged even more.
Now he and his colleagues are looking at babies, taking skin, saliva and tooth swabs at birth and during the first two years of life, a time when the structure of the microbe communities in the body is being established.
“We wait for the babies to be exposed to antibiotics — it doesn’t take that long,” Dr. Relman said. The goal, he says, is to assess the effects on the babies’ microbes, especially when babies get repeated doses of antibiotics that are not really necessary.
“Everything comes with a cost,” he said. “The problem is finding the right balance. As clinicians, we have not been looking at the cost to the health of our microbial ecosystems.”
Suscribirse a:
Entradas (Atom)